Itsuka Shido é um estudante do liceu. No último dia das suas férias de primavera, uma explosão devasta a sua cidade e uma donzela de armadura aparece-lhe à frente. Kotori, que não é apenas a meia-irmã sedutora de Shido, mas também a comandante da organização militar Ratatosk, revela-lhe que a donzela é, de facto, um espírito que perturba o equilíbrio do espaço-tempo. A única forma de pôr fim a este desastre é fazer com que ela descubra finalmente o amor. Uma tarefa que Shido terá dificuldade em cumprir.