Itsuka Shido é um garoto do ensino médio. No último dia das férias de primavera, uma explosão destrói a cidade e uma garota de armadura aparece na frente dele. A irmã adotiva de Shido, Kotori, lhe diz que a garota é chamada de “Espirito”, o que causa um tremor no espaço-tempo. Kotori revelou que ela é a comandante da Ratatoskr uma organização anti-espírito e ordena ele ir em um encontro com a garota espírito. Kotori diz, “Eu não peço que você force a garota espírito, Basta deixá-la se apaixonar por você e em seguida salve o mundo.”