Як тільки молоді дівчата дізналися правду про жорстоку долю дівчини-чарівниці, одна дівчина за іншою гине. У всьому цьому є одна чарівниця, яка продовжує битися сама - Хомура Акемі.
Дівчинка-чарівниця Мадока Магіка: Історія вічності — це переказ другої половини аніме-серіалу.