Naruto est en plein convalescence. Sakura est dégouté que Sasuke ne soit pas revenu, et décide par elle-même d'aller à sa recherche. Naruto souhaite évidemment l'accompagner. Afin de ne pas devenir des déserteurs, Jiraiya est obligé de convaincre le 5e Hokage de leur attribuer une mission de Rang S : Enquêter sur le village caché d'Oto. Tous les 3 commencent leurs enquête, tandis qu'un drôle de Ninja au cheveux orange fait son apparition.