Zane veut télécharger sa mémoire dans l’ordinateur du Samouraï X, pour y sauvegarder tous ses souvenirs et pouvoir ainsi constituer le grand récit de Ninjago. Nya décide de l’aider mais remarque une anomalie : une mystérieuse boîte à énigmes, « la Ninjigma », a été dissimulée dans le système de Zane et l’empêche de se déconnecter… le voilà pris au piège dans l’ordinateur. Nya appelle les autres Ninjas à la rescousse ; ensemble, ils vont devoir évoquer leurs souvenirs pour résoudre une série d'énigmes inspirées de leurs propres histoires, pour libérer Zane et pouvoir découvrir qui s’en prend à lui.