Le professeur Utonium, un grand scientifique, trouve vraiment que sa ville est une catastrophe car celle-ci est envahie par de grands méchants. Il décida donc de redonner un peu de lumière à sa ville en créant des petites filles… Alors qu'il était en pleine préparation, une substance chimique X a accidentellement coulé dans la mixture. Une explosion se produit et donna naissance aux Super Nanas : Belle, Bulle, et Rebelle. Un danger apparut peu de temps après à Townsville : il s'agit de Mojo Jojo, un singe-mutant qui cherche à détruire la ville des Super Nanas avec sa troupe de primates. Avec l'aide de leurs super-pouvoirs, les Super Nanas sont prêtes à sauver le monde.