Depuis 5 jours qu'il est au commande du SGC, le général Jack O'Neil doit faire face à de multiples épreuves. Premièrement, la croissance exponentielle d'une plante alien rapportée d'une mission. Deuxièmement, la capture de Sam, Daniel et Teal'c par des rebelles Jaffa. Enfin, l'organisation de négociations entre émissaires de l'Alliance puis l'arrivée d'un traitre nommé assistant administratif d'O'Neil, Marc O'Neil. Un générateur datant des Anciens pourrait débloquer une situation apparemment sans issue...