Alors que son grand-père est parti en expédition, Yugi rêve que lui et son alter-égo le pharaon combattent un nouvel ennemi. À son réveil, alors qu'il part pour l’école, il remarque que son grand-père n’est toujours pas de retour. Pendant que lui et Téa jouent à un nouveau jeu, Les Monstres à Capsules (un jeu de plateau se rapprochant du Duel de Monstres mais où les monstres sont des figurines dans une capsule), Joey participe à une loterie et gagne 4 billets pour l’Inde. C’est ainsi que Yugi, Tea, Joey et Tristan partent pour l’Inde mais le second avion qu’ils prennent tombe en panne et s’écrase en pleine forêt.
Là-bas, ils sauvent de la déshydratation un homme du nom d’Alex Brisbane, un collègue du grand-père de Yugi. Il leur apprend que Salomon Muto a disparu dans une pyramide et les conduit au lieu de la disparition. Ils découvrent un endroit où le sol ressemble à une carte. Joey disparait en marchant sur ce sol, aussi Yugi et ses amis le suivent pour le retrouver. Arrivé dans une forêt, ils se font attaquer par un monstre et découvrent que ce monde alternatif utilise la méthode d’invocation du jeu Capsule Monsters pour combattre les monstres.
Arriveront-ils à retrouver Joey et le grand-père de Yugi ainsi qu’à quitter ce monde ?