War of Y est divisé en quatre histoires sur les conflits au sein de l'industrie du divertissement BL (yaoi, aussi appelé boys' love, est un genre d'œuvres de fiction centré sur les relations entre personnages masculins).
Histoire 1- Nouveau navire
Pan et Not deviennent rapidement le nouveau couple à la mode.
Mais le monde du BL n’est pas sans danger et les fans comme les professionnels du milieu peuvent rapidement se transformer en ennemis.
Histoire 2 - La guerre des managers
Parfois la fiction dépasse la réalité et quand un couple apprécié de beaucoup sort réellement ensemble,les choses peuvent devenir rapidement compliquées, voire chaotiques.
Histoire 3 - Y-Idol
Une nouvelle télé-réalité est lancée pour trouver les acteurs BL de demain. Enfermés ensemble, plusieurs jeunes hommes apprennent à jouer, chanter, danser, mais ils seront aussi observés sur leur capacité à se prêter au jeu du fan service.
Histoire 4 - Wife
Moss et Achi sont un pairing de BL jouant parfaitement la carte du fan service, au point où parfois la limite entre la fiction et la réalité n’est plus très claire. D’autant plus qu’Achi se trouve en parallèle une petite amie.