Les Tortues Ninja sont 4 petites tortues qui deviennent humanoïdes, suite au contact d'une étrange substance chimique rose, le mutagen. Splinter, un maître en arts martiaux transformé en rat suite à une mutation similaire, va les accueillir dans les égouts de la ville de New-York et leur enseigner le Ninjutsu, l'art des ninjas. Ils vont ensuite faire la rencontre d'une journaliste nommé April O'Neil, qui va les aider à lutter contre la bande à Shredder, un méchant qui se cache derrière un masque de fer.
C'est Splinter qui donnent leur noms au quatre tortues, d'après les noms de peintre de la renaissance. On les reconnait facilement à la couleur de leur masque et bandeaux. Chaque tortue maîtrise également une arme qui lui est propre.
Donatello - Violet - Bō
Léonardo - Bleu - Katana
Raphaël - Rouge - Sai
Michelangelo - Orange - Nunchaku