Negative Positive Angler suit l’histoire de Tsunehiro Sasaki, un étudiant universitaire écrasé par des dettes colossales et ayant récemment reçu un diagnostic de deux ans à vivre par son médecin. Un jour, alors qu’il est poursuivi par ses créanciers et tombe dans la mer, il est sauvé par une jeune fille passionnée de pêche, Hana Ayukawa, et ses amis pêcheurs.
Sous l’impulsion d’Hana, Tsunehiro fait l’expérience de sa première partie de pêche et se lie rapidement d’amitié avec ce groupe.