Un an après les derniers événements d’Heroes, un attentat terroriste fait de nombreuses victimes à Odessa, au Texas. Tenues responsables de cette attaque, les personnes dotées de pouvoirs sont désormais des fugitifs, traqués par Luke et Joanne, avides de vengeance depuis une perte tragique. Disparu de la circulation, Noah Bennet va malgré lui devoir sortir de l’ombre lorsque le conspirationniste Quentin Frady lui ouvre les yeux sur les véritables motivations cachées derrière ces événements. Ailleurs, au même moment, d'autres "évolués" doivent se cacher. Ils ne savent pas encore qu'ils vont jouer un rôle crucial dans la plus grande des quêtes : sauver le monde !