Secrets de Filles est un guide de survie pour celles qui vivent mal leur adolescence. Chaque épisode est vu à travers les yeux d'Ellie Allard, une jeune fille brillante dotée d'une imagination débordante, dont les réflexions secrètes se matérialisent dans des scènes en animation. Dans son journal intime et avec ses deux meilleures amies Magda et Nadine, elle s'attaque aux dilemmes de son âge.