Au cours des dernières années, une technologie innovante a émergée. Sur les réseaux sociaux, des rumeurs circulent sur d'étranges phénomènes dont on ignore l'authenticité, désignés sous le nom de « Fantômes Holographiques ». Hiro Amanokawa, lycéen de première année à l'école privée Hazakura Academy, active un mystérieux appareil hérité de son père appelé « Digivice », rendant visibles à ses yeux des créatures inconnues qui ne peuvent être vues par le commun des mortels: les Digimon.