L’histoire suit Kuroi Mato, une jeune collégienne cherchant à se rapprocher de Yomi Takanashi, l’une de ses camarades de classe qui semble malheureusement assez fermée aux autres.
Un jour, la jeune fille obtient la possibilité de se rendre chez son amie et profite de cette occasion pour partager avec elle son livre d’illustrations préféré. C’est également chez Yomi que Kuroi rencontre Kagari Izuriha, une jeune fille en fauteuil roulant qui n’est autre que la meilleure amie de Yomi.
Ce que Kuroi ignore, c’est qu’il existe un monde parallèle au sien, dans lequel vit l’alter ego de chaque être humain et où une incessante guerre est en cours depuis bien longtemps.
Dans ce monde, son propre alter ego se nomme Black Rock Shooter, une jeune femme possédant un œil au sein duquel brûle une mystérieuse flamme bleue…
Existe-t-il un lien entre les habitants de ces deux mondes ? (source : animotaku.fr)