Dans un futur proche, une soudaine et inexpliquée montée des eaux a plongé une grande partie de la civilisation humaine sous l’eau. Ikaruga Natsuki, un jeune homme qui a perdu sa mère et sa jambe dans un accident quelques années auparavant, revient dans sa maison natale, partiellement engloutie par la mer. Désormais orphelin de toute famille, son seul espoir réside en un hypothétique trésor qu’aurait caché sa grand-mère dans son laboratoire, aujourd’hui en ruine dans les profondeurs. Mais après bien des recherches, ce qu’il trouve n’est ni de l’argent ni des bijoux, mais bien une étrange jeune fille endormie dans un cercueil au fond de la mer : Atri. Bien qu’elle soit un robot, son apparence et son comportement feraient croire à n’importe qui qu’il s’agisse en réalité d’une véritable jeune femme. Pour remercier Natsuki de l’avoir libérée, Atri se met à son service.