Dans un « Japon féodal futuriste et post-apocalyptique », où celui qui atteindra le foulard symbolique « Numéro un » gouvernera le monde comme un « dieu ». Cependant, seul celui qui porte le foulard "Numéro Deux" a le droit de le contester. Afro Samurai, est le numéro deux actuel, et parcourt le monde à la recherche de vengeance, pour le numéro un actuel qui a tué son père.