Till vardags är Sam, Clover och Alex vanliga gymnasietjejer, men i själva verket är de hemliga agenter: spioner som arbetar för WOOHP, en hemlig organisation som arbetar för att rädda mänskligheten. När deras överordnade Jerry behöver deras hjälp skickar han ut dem på uppdrag och förser dem med olika tekniska apparater som hjälper dem att utföra sina undersökningar.