5012 e.Kr. Jorden har plötsligt invaderats av utomjordingar som har satt ut mekaniska livsformer. Mänsklighetens utrotning är nära förestående, men en liten grupp överlevande har tagit sin tillflykt till månen och organiserar en motattack genom att bygga androidsoldater. Men de är ingen match för en fiende som kan föröka sig i det oändliga. Det sista hoppet står till en ny generation kvinnliga androider, Yorha-enheten, och mer specifikt till 2B. Kommer de att kunna ta tillbaka jorden?