Vi befinner oss på det 26:e århundradet. Mänskligheten har koloniserat rymden. Den förenade jordens regering har uppnått denna bedrift med Shaw-Fujikawa-reaktorteknologin som möjliggör interstellära resor. År 2525 sker den första kontakten med utomjordingar. Tyvärr var det en militärteokratisk koalition känd som Covenant Alliance som inte uppskattade människor. Den finner dem ovärdiga sina gudar och vill utrota dem.
År 2552, när UNSC (United Nations Space Command) utkämpar ett desperat krig för att försöka avvärja Covenante-alliansens soldater. Deras armé består av supersoldater som kallas spartaner, skapade av Naval Intelligence Service (ONI), där amiral Margaret Parangosky (Shabana Azmi), direktör, och kommendör Miranda Keyes (Olive Gray), befälhavare, är de starka sidorna. Projekt Spartan leds av dr Catherine Elizabeth Halsey (Natascha McElhone).
Rebellkolonin Madrigal, som Kwan Ha Boo är en del av, attackeras av Alliansen som genomför utgrävningar på planeten. Ett spartanskt team som leds av major John-117 (Pablo Schreiber) eliminerar de främmande styrkorna och upptäcker en utomjordisk artefakt som inte liknar någon annan teknologi från Covenant, som aktiveras vid Johns beröring och som visar sig vara en ledtråd som leder till föremålet för Coventens ultimata jakt: Halo...