När Iori Kitahara ska börja på universitetet väljer han att flytta in i sin farbrors dykbutik i Izu, känd som Grand Blue. Iori är ivrig att börja sitt liv som student, omgiven av vågornas brus, den intensiva solen och sin kusin som bor med honom. Iori träffar dock en grupp tuffa killar med en passion för sten-sax-påse-remsa-lekar, och går med i universitetets dykarklubb, Peek-a-Boo.