Itsuka Shido är en gymnasieelev. På vårlovets sista dag ödeläggs hans stad av en explosion och en dam i rustning dyker upp framför honom. Kotori, som inte bara är Shidos förföriska halvsyster utan också befälhavare för militärorganisationen Ratatosk, avslöjar för honom att jungfrun i själva verket är en ande som stör balansen mellan rymd och tid. Det enda sättet att få slut på denna katastrof är att hon äntligen upptäcker kärleken. En uppgift som Shido kommer att få svårt att klara av.