Le passé de l'homme en noir refait surface. William dévoile des pans entiers de sa vie de famille dysfonctionnelle et parsemée de drames. Cela explique le comportement de sa fille, qui lui reproche son attitude passée. Parallèlement, Maeve souffre toujours, prise au piège dans le laboratoire et soumise aux expériences des techniciens. Dolores et Teddy croisent le chemin des Indiens de la Nation fantôme.