Deux semaines après s'être embrassés, Jane et Lisbon sont de retour au FBI, en couple, mais décident de cacher leur relation aux membres de leur équipe ainsi qu'à Abbot. Ils enquêtent sur le meurtre d'un agent sous couverture, qui les mène sur la piste d'un trafic d'armes.
Parallèlement, un nouvel agent venant de Quantico fait son apparition, Michelle Vega. Elle intègre rapidement l'équipe.