Alors que l'équipage de l'Enterprise doit accepter la mort du Capitaine Kirk, Spock et McCoy doivent venir à bout de leurs désaccords. quand Spock découvre un complot des Klingons pour envoyer Kirk dans le passé pour détruire la Fédération, il faudra tout le courage et les capacités de l'équipage de l'Enterprise pour secourir leur Capitaine avant qu'il ne succombe à la torture du contrôle de pensée "Mind-Sifter".