Prise pour cible par le S.H.I.E.L.D., l’équipe de l’agent Coulson doit tout mettre en œuvre pour survivre et déjouer les derniers pièges tendus par le Clairvoyant. Pendant ce temps, l’agent Simmons, séparé du reste du groupe, fait une découverte terrifiante qui pourrait bien menacer la survie de l’humanité.