L'agent Gallo retrouve la trace de Walter O'Brien, un génie au Qi de 197 avec qui il a travaillé il y a des années pour la NSA. Il a à nouveau besoin de lui et de son équipe de surdoués afin de régler une crise extrême : Le programme informatique chargé de l'atterrissage des avions de Los Angeles est infecté par un virus. Walter et son équipe vont devoir faire des miracles afin de sauver les 54 avions en vue de l'aéroport international de Los Angeles. L'aide inattendue d'une serveuse, Paige et de son fils autiste, vont permettre de sauver la situation et de nombreuses vies. A l'issue de cette affaire, Gallo offre à Walter et ses amis de travailler pour la NSA : leur nom de code est Scorpion.
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