Les ninjas en apprennent plus sur Acronix et Krux, les deux maîtres des éléments connus sous le nom de mains du temps et sont persuadée que cette menace a finalement été écartée. Mais avec Wu souffrant des effets du point du temps, les ninjas découvrent un nouvel ennemi : les guerriers Vermillion. Ils n'ont aucune idée de qui les contrôle...