Прошло 3000 лет (5000 в английской версии). Весь мир увлечён «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Школьник Юги Муто (яп. 武藤 遊戯 муто: ю:ги) является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» (англ. Millennium Puzzle) — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка. Теперь Юги объединён с душой фараона по имени Атем, потерявшего память. История рассказывает о том, как Юги и его друзья пытаются разгадать секрет потерянной памяти фараона с помощью карточной игры «Duel Monsters», встречая на своем пути других обладателей Тысячелетних артефактов.