«Анимационный сериал» является сюжетным продолжением телевизионного сериала «Звёздный путь: Оригинальный сериал» и повествует о последнем годе пятилетней исследовательской миссии звездолёта «Энтерпрайз NCC-1701» под командованием капитана Кирка.