Время действия: 2369 - 2375 годы по земному летосчислению.
После 50 летней оккупации Кардассианкой Империей планета Бэйджор наконец освобождена. Но из-за общественного, культурного и экономического опустошения, вызванного длительным периодом захвата, временное баджорское правительство обращается с просьбой о помощи к Федерации.
Основное действие сериала происходит на станции «Глубокий космос 9», которую баджорское правительство передало под юрисдикцию Федерации. Эта станция, первоначально никому не нужная, отдаленное и скучное место, находящиеся на самых границах Федерации, быстро превращается в один из основных галактических торговых центров, благодаря открытию рядом со станцией пространственного гипертуннеля, «червоточины», соединяющего два квадранта галактики: наш родной Квадрант Альфа и загадочный, до этого совершенно не изученный, квадрант «Гамма».