Идет 0087 год Космической Эры, прошло 8 лет с Однолетней войны. В связи с событиями, произошедшими в Mobile Suit Gundam 0083: Stardust Memory, была создана группа «Титаны», чья цель — бороться с остатками сил Зиона. Титаны ведут активную борьбу с несогласными с политикой Земной Федерации, вплоть до применения оружия массового поражения. Против Титанов сражается группировка AEUG, членами которой являются некоторые бывшие солдаты Зиона и несогласные с политикой Федерации военные. В центре конфликта снова оказывается Сторона-7, где Титаны разрабатывают новый мех «Гандам» ((Gundam Mk.2). За новой машиной охотится бывший пилот Зиона и член AEUG Кваттро Баджина. Параллельно с этим главный герой сериала, сын проектировщика новой машины, Камилл Бидан, несогласный с действиями Титанов, вступает в драку с оскорбившим его пилотом Джеридом Мессой, и угоняет один из прототипов Mk.2, после чего он присоединяется к AEUG как пилот. Титаны и AEUG сражаются между собой, тем временем, в космосе появляется новая могущественная сила — остатки Зиона, сконцентрированные на заселенном астероиде Аксис.