1958 - Ayant finalement compris qu’il était périodiquement victime d’enlèvements, Russell Keys revient chez lui pour prévenir son fils, Jesse (James Kirk) et l’empêcher de subir le même sort. Mais il est déjà trop tard, Jesse a déjà été " contacté ". Au cœur de la zone 51, les équipes du colonel Owen Crawford buttent encore et toujours sur la technologie du vaisseau alien. Persuadé que Jacob (Anton Yelchin), le fils de Sally Clarke, est une clé de ce puzzle, Owen Crawford se rend à Lubbock, au Texas et découvre un enfant aux pouvoirs terrifiants.