Le NCIS ne parvenant toujours pas à identifier la taupe au sein de ses rangs, le sous-secrétaire de la Défense Corbin Duggan investit les bureaux et prend les commandes. Impuissants, Hetty et Granger vont tout faire pour que chacun garde son poste, tandis que l'équipe se concentre tant bien que mal sur une nouvelle affaire.