A cidade onde os sistemas de rede são desenvolvidos: Cidade Den. A gigante companhia SOL Technology tem sua sede lá e usa tecnologia avançada que criou para construir o “Link VRAINS”, um espaço de realidade virtual. Muitas pessoas estão empolgadas por agora poderem experimentar um novo tipo de duelo no Link VRAINS.
No Link VRAINS, um misterioso grupo que hackeia duelos chamado de “Cavaleiros de Hanoi” aparece. Seu objetivo é trazer a destruição do “Mundo da IA: Cyberse” que existe em algum lugar da rede.
No entanto, existe um duelista disposto a enfrentar esta ameaça. Seu nome é Playmaker. Ele derrota os Cavaleiros de Hanoi em um duelo feroz e então vai embora sem dizer nenhuma palavra. Por causa disso, o Playmaker imediatamente se torna famoso no mundo da rede. Sua identidade real é o estudante do colegial Fujiki Yuusaku. Para Yuusaku, ele gasta muito tempo no LINK VRAINS porque está em busca da verdade de um incidente que aconteceu em seu passado. Por este propósito, ele persegue os Cavaleiros de Hanoi.
Yuusaku gasta seus dias lutando contra membros dos Cavaleiros de Hanoi. Enquanto isso, ele captura um misterioso programa de IA que a SOL Technology e os Hanoi estão buscando. Depois disso, as engrenagens do destino começam a girar para Yuusaku. Qual é a verdadeira identidade da misteriosa IA? Qual é a verdadeira razão dos Cavaleiros de Hanoi quererem destruir o Cyberse? E qual é a verdade sobre o passado de Yuusaku que ele mantém escondida?