A Guerra de Y está dividida em quatro histórias sobre conflitos dentro da indústria do entretenimento BL (yaoi, também conhecido como o amor dos rapazes, é um género de ficção centrado nas relações entre personagens masculinos).
História 1- Novo navio
Pan e Not rapidamente se tornam o novo casal da moda.
Mas o mundo BL não está isento de perigo e tanto os fãs como os profissionais do ramo podem rapidamente transformar-se em inimigos.
História 2 - A guerra do gerente
Por vezes a ficção ultrapassa a realidade e quando um casal que é amado por muitos se junta de facto, as coisas podem rapidamente tornar-se complicadas, mesmo caóticas.
História 3 - Y-Idol
É lançado um novo reality show para encontrar os actores do BL de amanhã. Trancados juntos, vários jovens aprendem a actuar, cantar e dançar, mas também serão vigiados pela sua capacidade de actuar em serviço de fãs.
História 4 - Esposa
Moss e Achi são um par de BL jogando perfeitamente a carta de serviço do ventilador, ao ponto de por vezes a linha entre a ficção e a realidade não ser muito clara. Tanto mais que Achi se encontra uma namorada ao mesmo tempo.