Enquanto as principais personagens Alex, Marty, Gloria, e Melman ainda estão relaxando na África (Depois do eventos de Madagascar: Escape 2 Africa), os quatro pinguins: Skipper (o lider do grupo), Kowalski (o mais inteligente), Private (o mais novo) and Rico (o mais louco), retornaram a New York City ao Zoológico do Central Park. The Penguins will rule the roost at their Central Park Zoo home,Os pinguins irão fazer do Zoologico do Central Park Zoo sua casa, fazendo missões secretas no coração da cidade de New York. Às vezes as suas missões secretas farao com que eles aventurem-se fora do zoológico. Assim como a equipe acha que tem a sua área urbana sob controle, um novo vizinho mora na porta ao lado: Julien, Rei dos Lêmures (que chegou a Nova York, de alguma forma).Agora, os pingüins devem concorrer contra ele para a posição lider supremo do Zoológico do Central Park.