Quando a chuva de veneno mortal Blueschist caiu do céu, a humanidade refugiou-se no subsolo para escapar à catástrofe conhecida como Lágrimas da Lua Nova. Cem anos depois, a humanidade regressou à superfície para começar uma nova era. Sob a constante ameaça dos Exterminadores à superfície, os humanos criaram novas cidades chamadas Ninhos, juntamente com humanoides IA conhecidos como Magus. Avançamos para o ano 2242 e Kanata sonha ser um Errante. Enquanto explora as ruínas de um museu com o famoso Errante Tokio, ele descobre uma Magus chamada Noir que perdeu todas as suas memórias. Noir tem dificuldade com as tarefas diárias, mas é exímia nas batalhas contra os Exterminadores. Kanata junta-se a Noir enquanto descobre exatamente o que é preciso para ser um Errante.