Em um futuro distante, a guerra entre a raça humana e os Gamilon atingiu todo o planeta Terra. Constantes bombardeios de asteróides radioativos tornou a atmosfera do planeta inabitável. Como meio de socorro, a Rainha Starsha do planeta Iscandar oferece as Forças da Terra um dispositivo que pode neutralizar completamente a radiação do planeta. Para esta tarefa, o Space Battleship Yamato é criado a partir dos restos de seu predecessor da II Guerra Mundial em uma jornada 148.000 anos-luz. No entanto, a tripulação do Yamato tem apenas um ano terrestre para viajar até Iscandar e voltar ou a raça humana chegará a seu fim.