O Anime conta a história de uma escola chamada Shibusen, à qual foi criada para eliminar os Ovos de Kishins, que são seres que usam a alma de humanos (em geral devorando-as) para se tornarem mais poderosos, e as bruxas que vivem aterrorisando o mundo. Os encarregados de eliminar esses seres são os artesãos, que além de eliminar os Kishins, devem ajudar suas armas à se tornarem Death Scythes (Foice da Morte), para o Shinigami-Sama (Diretor e criador da Shibusen). Os artesãos devem fazer suas armas devorarem 99 Ovos de Kishin e uma alma de bruxa. O anime tem início com uma jovem Artesã chamada Maka, que junto de sua arma chamada Soul Eater, está lutando contra Jack o Estripador, pela a 99ª alma de Kishin. Ambos o derrotam e Soul devora a alma, mas ainda falta a alma de Bruxa para Soul se tornar uma Death Scythe. Soul e Maka vão até a casa da bruxa chamada Blair, e após dias de esforço, devoram sua alma. Porém descobrem que na verdade, Blair era uma gata com poderes mágicos. Dessa forma como o Shinigami-Sama havia avisado as 99 almas de Kishin foram anualadas e Blair voltou à vida (já que como gata, possui 7 vidas). Agora Maka e Soul devem correr atrás do prejuízo em uma nova jornada pelas 99 almas de Kishin e a alma de bruxa, para Maka realizar seu sonho e fazer a melhor Death Scythe que existe, superando assim sua mãe e a arma dela (que por acaso é seu pai). Não só Maka como Black Star e Death the Kid, devem correr atrás de seus objetivos de tornarem suas armas em Death Scythes.