Ninja Nonsense é uma série de comédia absurda que mostra Shinobu, uma jovem treinando para se tornar um ninja. No entanto, a série não se concentrar no treinamento ninja, em vez incidindo sobre estilo de vida e os amigos do Shinobu através de uma série de linhas de enredo de comédia desconexas. Para esse fim, cada episódio do anime é dividido em duas histórias separadas.