Batizada originalmente de Rurouni Kenshin, Samurai X, é ambientada nos primeiros anos da Era Meiji no Japão. Durante 10 anos, Kenshin vagou pelo Japão até encontrar abrigo no Dojo Kamiya, onde a jovem Kaoru Kamiya lecionava kendo no estilo Kamiya Kashin (Espada para a Vida). A errante caminhada do jovem ronin tinha um propósito: visualizar as inúmeras mortes que causara durante o Bakumatsu quando era um hitokiri (assassino retalhador) a serviço da Ishin Shishi (monarquistas que desejavam a restauração do governo para as mãos do imperador) do feudo de Choushuu. Nessa época, Kenshin ficou conhecido como "Hitokiri Battousai" por sua grande habilidade com o Battoujutsu, técnica que em um movimento contínuo, saca a espada e realiza o corte. Mesmo com a vitória dos monarquistas que culminou na derrubada do Xogunato Tokugawa, dando origem à Era Meiji, Kenshin, arrependido pelas inúmeras vidas que tirou, decide nunca mais matar. Mesmo terminando sua longa jornada, o ex-hitokiri terá de brandir novamente sua sakabatou (espada em que a lâmina encontra-se no dorso) para enfrentar novos e velhos inimigos.