Estamos no ano de 2011. Um grupo de exploradores e pesquisadores num navio se prepara para mais um mergulho. O mergulhador a fazer mais uma experiência de mergulho livre - sem o uso de aparelhos - é Masamichi Haru. Seu amigo, Eiichirou Kushima, é quem ficará supervisionando. No entanto, no meio do mergulho, uma estranha visão de bolhas vermelhas põe tudo a perder e uma mega explosão abala o navio. Cinquenta anos mais tarde, Masamichi Haru acorda de seu coma mal sabendo sobre o mundo a sua volta. O mundo em que ele vive agora é regido por uma rede de informações chamada Metal, criada por seu próprio amigo Eiichiro Kushima. É através do Metal que os seres humanos guardam suas memórias e informações. No entanto, tanto poder de arquivamento e tecnologia põe em risco a privacidade das pessoas. Para proteger tal sistema de hackers, mergulhadores cibernéticos são obrigados a “mergulhar“ dentro da rede e resolver problemas de programação. Masamichi Haru se torna um desses cibermergulhadores.