Sete anos após a Guerra de Um Ano – mostrada em Mobile Suit Gundam – um grupo denominado AEUG (Anti-Governo Unido da Terra) nasce secretamente entre os membros da Federação e dos escombros do Arquiducado de Zeon.
A história começa a ser narrada pelo ponte de vista do adolescente civil Kamille Bidan, cujos pais são engenheiros que trabalham para a Federação da Terra e para os Titãs. Kamille, que vive na Colônia de Green Noa, acaba se integrando as forças anti-federação durante um ataque lançado por Quattro para capturar um novo protótipo de Mobile Suit, o Gundam MKII.