Arata Miyako acho que tinha sido contratado pela Prefeitura de Shinjuku para um emprego qualquer como funcionário público. Contudo, ele logo descobre que foi alocado no Departamento de Relações Noturnas, que opera em segredo em cada uma das 23 prefeituras de Tóquio. Seu trabalho é resolver assuntos secretos envolvendo ocultismo e seres não-humanos. Ao lado de Kyoichi Sakaki, chefe de departamento, e de Theo Himetsuka, um fanático pelo sobrenatural, eles trabalham todas as noites, encarando seres cuja existência desafia nossa compreensão de mundo.