O mundo virtual do ID: Invaded está cheio de casas flutuantes, em colisão de massas de terra e estruturas que desaparecem. Sakaido, um detetive, encontra-se neste mundo e é rapidamente encarregado de desvendar o assassinato de Kaeru, uma jovem garota que foi esfaqueada fatalmente. Logo fica claro que as regras físicas não convencionais do novo mundo não se limitam a edifícios ou estradas, já que o corpo de Sakaido também apresenta vários estados de desconexão.