Last Order conta a história ocorrida antes dos eventos do game ilustrando a fuga heróica de Zack, que após ter sido usado de cobaia por Hojo nos laboratórios da Mansão Shinra, escapa levando consigo o moribundo Cloud. Logo em seguida, Tseng, líder dos Turks despacha seus agentes em busca dos fugitivos e relembra os acontecimentos em Nibelheim a 5 anos atrás.