A trama se passa num mundo paralelo ao de Fate/Stay Night. Uma grande guerra foi travada entre setes magos e espíritos heróicos numa cidade chamada Fuyuki. Entretanto, um certo Mago aproveitou os conflitos da Segunda Guerra Mundial para roubar o Santo Graal, um raro e poderoso artefato. Algumas décadas se passaram, e a família Yggdmillennia, que utilizou deste artefato como seu símbolo, desertou da Associação de Magos e declarou sua independência. As consequências desta perigosa escolha irá desencadear uma nova batalha, onde dois grupos vão se enfrentar, a “Facção Negra”, com membros de Yggdramillennia e a Facção Vermelha”, formada por pessoas ligadas a Associação dos Magos e um membro da igreja.