A série conta a história de uma equipe de piratas/mercenários conhecida como Companhia Lagoon, que contrabandeia cargas nos mares do Sudeste da Ásia nos anos 1990. Sua base de operações está localizada na cidade fictícia de Roanapur, na Tailândia, e eles transportam as cargas no torpedeiro Black Lagoon. A Companhia Lagoon faz negócios com vários clientes, mas tem uma relação particularmente amigável com o cartel criminoso Russo Hotel Moscou. A equipe aceita várias missões em várias localidades do Sudoeste da Ásia; quando não estão em missão, os membros da Companhia Lagoon gastam a maior parte do tempo no "The Yellow Flag", um bar em Roanapur que é frequentemente destruído em tiroteios.