O segredo dos Digimon e dos DigiDestined foi agora descoberto.
Em 2012, após os eventos de Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, os DigiDestined do início da idade adulta – Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari e Ken – devem conciliar suas novas responsabilidades com seus parceiros Digimon. Mas Rui Owada, um jovem misterioso, aparece, afirmando ser o primeiro humano a fazer parceria com um Digimon-Ukkomon. Será que Rui foi mesmo o primeiro DigiDestined?